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已近而立之年的克里斯·加德纳(威尔·史密斯)，是一名普普通通的医疗器械推销员这种不安定的生活已经影响到家庭的和睦，最终妻子琳达忍受不了经济上的压力，离开了克里斯，留下他和5岁的儿子克里斯托夫相依为命。这时候克里斯银行帐户里只剩下21块钱，因为没钱付房租，他和儿子被撵出了公寓。 费尽周折克里斯赢得了在一家声名显赫的股票投资…
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故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作 卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她…
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在上一集J（威尔·史密斯 Will Smith 饰）重新召回K（汤米·李·琼斯 Tommy Lee Jones 饰）作为搭档之后，时间又过去了许多年，但是外星人对地球的觊觎却一直没有停歇而且J还了解到了K已经死了四十多年。无论未来如何发展，K都和外星人入侵地球有着千丝万缕的联系。而且这段时间，J了解到是一个叫做鲍里斯（杰梅奈·克莱门特 Jemaine …
